敦煌研究院是負責世界文化遺產敦煌莫高窟、天水麥積山石窟、永靖炳靈寺石窟，全國重點文物保護單位瓜州榆林窟、敦煌西千佛洞、慶陽北石窟寺管理的地廳級綜合性研究型事業(yè)單位。辦院方針為“保護、研究、弘揚”。前身是1944年成立的國立敦煌藝術研究所，1951年改組為敦煌文物研究所，1984年擴建為敦煌研究院。

　　敦煌研究院設有黨委委員會、院務委員會、紀律檢查委員會、學術委員會和工會委員會；設有保護研究部、人文研究部、藝術研究部、文化弘揚部四大業(yè)務主管部門統籌協調和管理保護研究所、美術研究所、考古研究所、敦煌文獻研究所、文物數字化研究所、《敦煌研究》編輯部、敦煌學信息中心、接待部、敦煌石窟文物保護研究陳列中心、莫高窟數字展示中心、敦煌石窟監(jiān)測中心、文化創(chuàng)意研究中心等12個部門的業(yè)務發(fā)展；設有辦公室、人力資源處、科研管理處、計劃財務處、審計處、保衛(wèi)處、總務處、國際合作與交流處（港澳臺處）、網絡中心、新媒體中心、蘭州分院辦公室、紀檢監(jiān)察室等12個職能部門；麥積山石窟藝術研究所、炳靈寺文物保護研究所、北石窟寺文物保護研究所、榆林窟文物保護研究所、西千佛洞文物保護研究所等5個直屬事業(yè)單位；敦煌莫高窟旅游服務公司、文物保護技術服務中心、甘肅恒真數字文化科技有限公司、甘肅莫高窟文化遺產保護設計咨詢有限公司、甘肅鴻文敦煌藝術研修中心等5個文化科技與創(chuàng)意企業(yè)；絲綢之路與敦煌研究中心、佛學研究中心2個人文社科研究平臺。

　　敦煌研究院現有在編職工421人，其中專業(yè)技術人員319人，占在編職工總數的79.2%；高級專業(yè)技術職稱97人、中級專業(yè)技術職稱146人；博士學位28人、碩士學位75人、大學本科學歷234人，本科以上學歷人數占全院在編職工總數的83.2%。另外，因文物安全、旅游開放等工作需要，聘用合同制職工950人，全院現有職工總數1371人。

　　敦煌研究院成立70多年來，依照黨和國家的方針政策，在中央有關部委和甘肅省委省政府以及各級政府部門的長期關懷支持下，幾代莫高窟人攻堅克難，銳意進取，逐步形成了“堅守大漠、甘于奉獻、勇于擔當、開拓進取”的“莫高精神”，以及符合文化遺產事業(yè)發(fā)展規(guī)律的“十位一體”戰(zhàn)略發(fā)展模式和“基于價值完整性的平衡發(fā)展質量管理模式”。先后承擔省級以上科研課題140余項，發(fā)表論文3940余篇，獲省部級以上獎勵70余項，授權專利60余項，編制國家或行業(yè)標準17項。是國家古代壁畫與土遺址保護工程技術研究中心、古代壁畫保護國家文物局重點科研基地、甘肅省古代壁畫與土遺址保護重點實驗室、甘肅省古代壁畫與土遺址保護標準化技術委員會、科技部絲綢之路文化遺產保護國際合作研究基地的依托單位。

　　敦煌研究院已發(fā)展成為我國擁有世界文化遺產數量最多、跨區(qū)域范圍最廣的文博管理機構，在國內外具有相當影響力的遺址博物館、敦煌學研究實體、古代壁畫與土遺址保護科研基地，國家一級博物館。2010年在巴西召開的世界遺產委員會第34屆會議上，莫高窟被譽為“有效保護與可持續(xù)旅游管理方法的典范”。